日據時代該衙門為總督辦公之場所,直到西元1920年總督府新廈落成為止,而西元1931年將籌防局門廳、布政使司大堂與部份廂房等分別移往台北市立兒童育樂中心昨日世界及植物園內之現址保存,後來存放於台北市立兒童育樂中心昨日世界的衙門建物被颱風損毀,僅存植物園內的布政使司衙門,光復後該衙門由林業試驗所接管,作林業陳列館之用,現由行政院農委會管轄,西元1985年8月19日由內政部指定為國家二級古蹟。
台灣布政使司衙門為臺灣僅存的衙門建築,原建築配置已不可考,而現存於植物園內的布政使司衙門係一座七開間三進式,呈縱長形「田」字形平面配置的官式建築,方位為座東朝西略偏北。三進的建築空間分別由橫向的「頭門」、「儀門」及「大堂」所構成,頭門及儀門間以縱向的廂房連接,儀門與大堂間則由左右兩側廊道相連,雙雙形成封閉的四合院。
由於是官署建築,屋脊採用單脊,具有燕尾翹脊,並無華麗或繁複的裝飾,而建材則係以一層丁一層順的唭哩岸石砌造而成,並有許多以細石、泥土、碎磚填補的空隙,屋頂則是使用普通的板瓦。



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